Di DKI Jakarta, Kanwil Kementerian Agama Provinsi DKI Jakarta mendapat laporan bahwa di pesantren daerah Lubang Buaya Jakarta Timur terdapat satu klaster dengan empat kasus positif Covid-19. Di Jawa Tengah, ada 73 santri yang positif terpapar Covid-19. Sedangkan di Yogyakarta, sejak Juli hingga Agustus, ada 80 persen pondok pesantren yang sudah memulai kembali kegiatan kepesantrenan. Di Jawa Timur, sejumlah 109 santri dan satu orang ustaz di Provinsi Jawa Timur terpapar Covid-19.
Sementara itu, di Bali, sampai saat ini seluruh santri, ustaz, ustazah maupun tenaga kependidikan di pesantren dinyatakan sehat dan tidak terpapar Covid-19. NTB, juga termasuk provinsi yang pesantren-pesantrennya telah memulai pembelajaran tatap muka sejak Juli lalu. Sedangkan di NTT, hingga kini belum ada warga di lingkungan pesantren yang terpapar Covid-19.
Di Kalimantan, sebagian besar pesantrennya sudah mengaktifkan kembali kegiatan belajar-mengajar. Pesantren di Kalimantan Tengah dengan total 82 pondok, 52 di antaranya sudah melaksanakan proses belajar mengajar dengan tatap muka. Sisa 30 pondok pesantren belum melaksanakan proses belajar mengajar. Namun hingga kini tidak ada penghuni pesantren yang terpapar Covid-19.
Pembelajaran tatap muka di pesantren di Kalimantan Timur juga sudah mulai dilaksanakan kembali. Dari 170 pondok pesantren yang ada di Provinsi Kalimantan Timur, 89 pesantren yang tersebar di 10 Kota/Kabupaten sudah aktif kembali. Seluruhnya dinyatakan dalam keadaan sehat, tidak ada yang terpapar Covid-19.